- InnoDB hỗ trợ relationship (data integrity and foreign key constraints) còn MyISAM thì ko: Đa phần các open source đều không coi trọng việc này nhưng nếu ứng dụng của bạn bắt buộc phải dùng foreign key constraints thì InnoDB là lựa chọn của bạn

- InnoDB hỗ trợ transactions còn MyISAM thì không: Nếu hệ thống của bạn dùng trong các ứng dụng ngân hàng hoặc phải thực hiện việc giao dịch thì chắc chắn là MyISAM sẽ bị loại.

- InnoDB thiên về row-level locking còn MyISAM thiên về table locking: Tức là khi hệ thống của bạn phải thực hiện nhiều các thao tác insert/update thì InnoDB là tốt hơn, còn nếu hệ thống của bạn thực hiện các thao tác select là chủ yếu thì dùng MyISAM là lựu chọn tốt hơn

- MyISAM hỗ trợ full-text searches còn InnoDB thì không: Đây rõ ràng là một điểm yếu của InnoDB so với MyISAM, và dĩ nhiên là trong hệ thống có dùng full-text searches thì phải loại InnoDB đầu nước.

- Tốc độ của MyISAM cao hơn InnoDB: Khi hệ thống của bạn đòi hỏi performance cao thì MyISAM là lựa chọn tốt hơn.

- InnoDB do InnoBase phát triển. InnoBase lại là cty con của Oracle. Thời gian khôi phục DB khi bị lỗi của InnoDB gần như fixed, còn thời gian khôi phục của MyISAM sẽ phụ thuộc vào độ lớn của DB

- Cuối cùng nếu bạn là người mới làm về MySQL cũng như DB nói chung) thì bạn nên dùng MyISAM vì rằng nó đơn giản hơn InnoDB.